การประเมินศูนย์ความเป็นเลิศทางการแพทย์ (Excellent Center) ของสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร เป็นการประเมินศูนย์ความเป็นเลิศของโรงพยาบาลในสังกัด ฯ ให้มีคุณภาพผ่านเกณฑ์ที่สำนักการแพทย์กำหนดขึ้น เพื่อพัฒนาศูนย์ความเป็นเลิศทางการแพทย์ด้านโรคเฉพาะทางให้สามารถบริการประชาชนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ปัจจุบันศูนย์ความเป็นเลิศทางการแพทย์ของสำนักการแพทย์มีทั้งสิ้น 7 ศูนย์ ได้แก่  ศูนย์จักษุวิทยา และศูนย์โรคกระดูกและข้อ โรงพยาบาลกลาง ศูนย์เวชศาสตร์มารดาและทารก ศูนย์เบาหวาน และศูนย์โรคหลอดเลือดในสมองและสมองเสื่อม โรงพยาบาลตากสิน ศูนย์รักษาและผ่าตัดผ่านกล้อง ศูนย์เวชศาสตร์การกีฬาและเวชศาสตร์ฟื้นฟู โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์

ผลการตรวจประเมินโรงพยาบาลกลางเริ่มที่ศูนย์จักษุวิทยา คณะกรรมการมีความพอใจในการให้บริการด้านเลสิก (Lasik) ที่มีประสิทธิภาพระดับพรีเมี่ยม คลินิก (Premium Clinic) ที่เปิดให้บริการทั้งชาวไทยและต่างชาติ รวมถึงการให้บริการแบบจุดเดียวเบ็ดเสร็จ (One Stop Service) ทำให้คนไข้สามารถกลับบ้านได้ทันทีหลังเสร็จการรักษา ด้านศูนย์โรคกระดูกและข้อ คณะกรรมการต่างชื่นชมการพัฒนาแบบก้าวกระโดดเมื่อเทียบกับปีก่อน โดยเฉพาะการพัฒนาแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ และการสร้างความร่วมมือกับสถาบันแพทย์ต่าง ๆ ให้เป็นแหล่งฝึกอบรมเพื่อเสริมศักยภาพในการผลิตงานวิจัยสู่สังคมให้มากยิ่งขึ้น